каким образом господствующие положение религии и церкви в духовной сфере Средневековья сказалось на содержании научных знаний?

В научном знании Средневековья доминировало богословие. Оно было одной из трех высших наук (остальные две - медицина и юриспруденция). В курсе богословия, а вернее, такого его направления, как схоластика, изучались начала естествознания (натурфилософии). Многие ученые богословы и монахи были естествоиспытателями и алхимиками, фактически, у церкви была полная монополия на научные знания. Всё это поначалу - в раннее Средневековье - помогло знаниям сохраниться, но под конец Средневековья такая система стала регрессивной, и богословия стало не хватать для объяснения мира.