Выпишите цифры( просьба пояснить), обозначающие запятую между частями сложного предложения, связанными подчинительной связью: Стрелять в него теперь,(1) когда он отдыхал,(2) не подозревая об опасности,(3) было бы преступлением... Но Иван ведь жаждал этой встречи уже давно,(4) он должен выстрелить.

(4)- Сложноподчиненное предложение: Но Иван ведь жаждал этой встречи уже давно, он должен выстрелить.
Главное предложение ...он должен выстрелить.
Второстепенное предложение: Но Иван ведь жаждал этой встречи уже давно...
Союз "НО" подчинительный. Причины.

запятые 1,3 подходят.
1- отделяет придаточную часть когда он отдыхал ( придаточная времени) от главной части сложноподчиненного предложения Стрелять в него теперь было бы преступлением
3- отделяет главную часть сложноподчиненного предложения( точнее родолжение главной части ) было бы преступлением
запятые 2,4 не подходят, потому что
2- отделяет обособленное обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом
4- отделяет части сложносочиненного предложения( то есть связанные сочинительной, а не подчинительной связью)

кроме того, запятая 3 закрывает обособленное обстоятельство, то есть выполняет в предложении двойную функцию.

если что непонятно, я пару минут на связи)