Может ли потенциальная энергия быть отрицательной? Почему?

Да, может. Значение потенциальной энергии зависит от выбора нулевого уровня её отсчёта . Можно выбрать за этот уровень пол, можно потолок, можно дно ямы и др. Например, взяли за нулевой уровень отсчёта потенциальной энергии пол 1 этажа. Тогда для тела на втором этаже Ep>0, а для тела в подвале дома Ep<0.